MolecularDynamics

MolecularDynamics #

通常の分子動力学シミュレーションを行うシミュレータです。

systemを一つ、forcefieldを一つ要求します。

Example #

[simulator]
type          = "MolecularDynamics"
boundary_type = "PeriodicCuboid"
precision     = "double"
parallelism   = "OpenMP" # optional
seed          = 12345
delta_t       = 0.1
total_step    = 50_000
save_step     = 100
integrator.type = "VelocityVerlet"

Input Reference #

  • type: 文字列型
    • シミュレータの種類を指定します。このシミュレータを使う場合、"MolecularDynamics"です。
  • boundary_type: 文字列型
    • 境界条件の種類を指定します。具体的な大きさは[[systems]]で指定します。
    • "Unlimited": 境界条件を設定しません。シミュレーションボックスは無限大の大きさになります。
    • "PeriodicCuboid": 直方体型の周期境界条件を指定します。
  • precision: 文字列型
    • シミュレーションに用いる浮動小数点数型の種類を指定します。
    • "float": 32bit浮動小数点数を使用します。
    • "double": 64bit浮動小数点数を使用します。
  • parallelism: 文字列型(省略可。デフォルトで並列化なし)
    • 並列化する際の実装を選択します。
    • "OpenMP": OpenMPを使った実装を使用します。
    • "sequencial": 並列化を行いません。省略した場合はこれが選択されます。
  • seed: 整数型
    • 乱数生成器の初期化に用いるシードを設定します。
  • delta_t: 浮動小数点数型
    • シミュレーションの時間刻みを指定します。
    • 時間の単位は[units]で指定した単位系に依存します。
  • total_step: 整数型
    • 実行するステップ数を指定します。
  • save_step: 整数型
    • 何ステップおきに状態を出力するか指定します。
  • integrator: テーブル型