`[simulator]` #

[simulator]テーブルでは、シミュレーション全体の設定と時間積分のアルゴリズムを設定します。

全シミュレータに共通して、シミュレーションに用いる浮動小数点数の精度と、境界条件の種類を指定する必要があります。

また、並列化を行う際もこの時点で設定を行います。

Input Reference #

以下のフィールドは全てのシミュレータに共通です。

[simulator]
type          = "MolecularDynamics"
boundary_type = "Periodic"
precision     = "double"
parallelism   = "OpenMP" # optional

type: 文字列型
- シミュレータの種類を指定します。例えば、普通のシミュレーションの他に、焼きなまし法やエネルギー最小化などが選べます。
- 選択できるシミュレータは"Available Simulators"を参照してください。
boundary_type: 文字列型
- 境界条件の種類を選択します。具体的な形状はSystemで指定します。
- "Unlimited": 境界条件を設定しません。シミュレーションボックスは無限大の大きさになります。
- "Periodic": 直方体型の周期境界条件を指定します。
- "PeriodicCuboid": 直方体型の周期境界条件を指定します。上と同じです。
precition: 文字列型
- シミュレーションに用いる浮動小数点数型の種類を指定します。
- "float": 32bit浮動小数点数を使用します。
- "double": 64bit浮動小数点数を使用します。
parallelism: 文字列型(省略可)
- 並列化する際の実装を選択します。省略した際は、シングルコアで実行されます。
- "OpenMP": OpenMPを使った実装を使用します。
- "sequencial": 並列化を行いません。省略した場合はこれが選択されます。
forcefield: テーブル型 (省略可)
- 特殊な場合のためのフィールドです。
- 使用例は、MultipleBasinForceFieldを参照してください。