UnderdampedLangevin

UnderdampedLangevin #

ランジュバン方程式に従い、温度・体積・粒子数一定のシミュレーションを行います。

\[m\frac{d^2 \bold{r}}{dt^2} = \bold{f}(\bold{r}) - m\gamma\bold{v} + \beta(t)\]

以下の論文で提案された手法です。

J. D. Honeycutt and D. Thirumalai, (1992) Biopolymers
Z. Guo and D. Thirumalai, (1995) Biopolymers.

例 #

[simulator]
integrator.type = "UnderdampedLangevin"
integrator.gammas = [
    {index = 0, gamma = 1.0},
    {index = 1, gamma = 1.0},
    # ...
]

入力 #

delta_tなどの他のパラメータはSimulatorで設定します。

type: 文字列型
- Integratorの種類を指定します。"BAOABLangevin"です。
gammas: テーブルの配列型
- 粒子の摩擦係数 \(\gamma_i\) を指定します。
remove: テーブル型 (optional)
- translation: 論理値型
  - trueの場合、毎ステップ、系全体の並進速度成分を取り除きます。
- rotation: 論理値型
  - trueの場合、毎ステップ、系全体の回転速度成分を取り除きます。
- rescale: 論理値型
  - trueになっていた場合、全体の速度ベクトルをリスケールすることで速度を減算した分の運動エネルギーを補填します。
- 省略した場合、全てfalseになります。