GFWNPTLangevin #

ランジュバン方程式に従い、温度・圧力・粒子数 (NPT) 一定のシミュレーションを行います。

\[m\frac{d^2 \bold{r}}{dt^2} = \bold{f}(\bold{r}) - m\gamma\bold{v} + \beta(t)\]

以下の論文で提案された手法です。

Xingyu Gao, Jun Fang, and Han Wang. J. Chem. Phys. (2016) 144, 124113

例 #

[simulator]
# ...
integrator.type = "GFWNPTLangevin"
integrator.chi  = 0.0
integrator.cell_mass  = [1e3, 1e3, 1e3]
integrator.cell_gamma = [0.1, 0.1, 0.1]
integrator.gammas = [
    {index = 0, gamma = 0.1},
    {index = 1, gamma = 0.1},
    # ...
]

入力 #

delta_tなどの他のパラメータはSimulatorで設定します。

type: 文字列型
- Integratorの種類を指定します。"BAOABLangevin"です。
chi: 浮動小数点数
- パラメータ \( chi \) の値です。
cell_mass: 浮動小数点数の配列型
- 箱の運動に対応する質量です。
cell_gamma: 浮動小数点数の配列型
- 箱の運動に対応する摩擦係数です。
gammas: テーブルの配列型
- 粒子の摩擦係数 \(\gamma_i\) を指定します。
remove: テーブル型 (optional)
- translation: 論理値型
  - trueの場合、毎ステップ、系全体の並進速度成分を取り除きます。
- rotation: 論理値型
  - trueの場合、毎ステップ、系全体の回転速度成分を取り除きます。
- rescale: 論理値型
  - trueになっていた場合、全体の速度ベクトルをリスケールすることで速度を減算した分の運動エネルギーを補填します。
- 省略した場合、全てfalseになります。