Integrator #

Integratorは、時間積分のアルゴリズムを意味します。

以下のアルゴリズムを選択できます。

G-JF Langevin #

ランジュバン方程式に従い、温度・体積・粒子数一定のシミュレーションを行います。

以下の論文で提案された手法です。

• Niels Grønbech-Jensen & Oded Farago, (2013) Mol.Phys. 111:8, 983-991

BAOABLangevin #

ランジュバン方程式に従い、温度・体積・粒子数一定のシミュレーションを行います。

以下の論文で提案された手法です。

• Benedict Leimkuhler and Charles Matthews. Appl. Math. Res. Exp. (2013) 2013:1, pp. 34-56
• Benedict Leimkuhler and Charles Matthews. J. Chem. Phys. (2013) 138:17, 174102

OpenMMで推奨されているアルゴリズムです。

g-BAOABLangevin #

ランジュバン方程式に従い、温度・体積・粒子数一定のシミュレーションを行います。

BAOABLangevinと同等ですが、拘束条件を扱うことができます。

以下の論文で提案された手法です。

• Leimkuhler B, Matthews C. Proc. R. Soc. A. (2016)

GFWNPTLangevin #

ランジュバン方程式に従い、温度・圧力・粒子数一定のシミュレーションを行います。

以下の論文で提案された手法です。

• Xingyu Gao, Jun Fang, and Han Wang. J. Chem. Phys. (2016) 144, 124113

UnderdampedLangevin #

ランジュバン方程式に従い、温度・体積・粒子数一定のシミュレーションを行います。

以下の論文で紹介された手法です。

• J. D. Honeycutt and D. Thirumalai, (1992) Biopolymers
• Z. Guo and D. Thirumalai, (1995) Biopolymers.

また、以下のシミュレータで使用されている手法です。

• H. Kenzaki et al., (2011) JCTC.

VelocityVerlet #

ニュートンの運動方程式に従い、エネルギー・体積・粒子数一定のシミュレーションを行います。