WormLikeChainOffset

WormLikeChainOffset #

Worm-Like chain modelに基づいた、二粒子間の距離に関するオフセットを考慮したポテンシャルです。

\[U(r) = \begin{cases} 0 & (r < l_0) \\ \frac{k_B T}{p} \left(\frac{l_c}{4} \left[ \frac{1}{1 - \frac{r - l_0}{l_c}} - 1 \right] - \frac{r - l_0}{4} + \frac{\left(r - l_0\right)^2}{2l_c}\right) & (r \geq l_0) \\ \end{cases}\]

例 #

[[forcefields.local]]
interaction = "BondLength"
potential   = "WormLikeChainOffset"
topology    = "bond"
parameters  = [
    {indices = [0, 1], offset = 100, p = 5.0, lc = 100.0, l0 = 30.0},
    # ...
]

入力 #

  • p: 浮動小数点数型
    • ポリマーの持続長です。
  • lc: 浮動小数点数型
    • ポリマーの最大長です。
  • l0: 浮動小数点数型
    • 二粒子間の距離に対してかかるオフセットです。
  • indices: 整数の配列型（長さ: 2）
    • どの粒子の間に適用するかを指定します。最初の粒子は0番めです。
  • offset: 整数型（省略可能）
    • インデックスに加算する値です。省略可能です。

Remarks #

This feature is developed by contributor, @yutakasi634.