BondLengthInteraction #

BondLength相互作用は、その名の通り結合長にかかる相互作用です。

以下のポテンシャルが利用可能です。

• Harmonic
• Gaussian
• GoContact
• AttractiveGoContact
• RepulsiveGoContact
• WormLikeChain
• WormLikeChainOffset
• 3SPN2Bond

例 #

[[forcefields.local]]
interaction = "BondLength"
potential   = "Harmonic"
topology    = "bond"
parameters  = [
    # required parameters depend on a potential...
    {indices = [0, 1], offset = 100, ... },
]

入力 #

• interaction: 文字列型
  • 相互作用の名前です。"BondLength"を指定します。
• potential: 文字列型
  • 利用可能なポテンシャルは以下のとおりです。
  • Harmonic
  • Gaussian
  • GoContact
  • AttractiveGoContact
  • RepulsiveGoContact
  • WormLikeChain
  • 3SPN2Bond
• topology: 文字列型
  • Topologyにおける結合の名称です。
• parameters: テーブルの配列型
  • indices: 整数の配列型(長さ: 2)
    • どの粒子の間の距離に適用するかを指定します。最初の粒子は0番目です。
  • offset: 整数型(省略可能)
    • indicesに加算する値です。省略可能です。グループ内番号を使いたい場合に便利です。
  • 他のパラメータは、ポテンシャルによって異なります。