FlexibleLocalAngle #

粗視化タンパク質モデルで、フレキシブル領域の角度分布を再現するためのポテンシャルです。角度分布を再現するため、値の表を内挿したものとして定義されています。

AICG2+粗視化タンパク質力場の一部として使われることが多いです。

以下の論文で開発されました。

T. Terakawa and S. Takada, (2011) Biophys J.

例 #

[[forcefields.local]]
interaction = "BondAngle"
potential = "FlexibleLocalAngle"
topology  = "none"
env.x      = [ 1.3090,  1.4835,  1.6581,  1.8326,  2.0071,  2.1817,  2.3562,  2.5307,  2.7053,  2.8798]
env.y1_ALA = [   5.00,    1.34,    0.84,    1.17,    0.82,    1.00,    1.27,    1.52,    3.20,   10.00]
env.y2_ALA = [   0.00,  151.96,   14.61,  -46.89,   39.04,   -4.86,   -1.86,    8.38,  250.03,    0.00]
parameters = [
    {indices = [0, 1, 2], k = 1.0, x = "x", y = "y1_ALA", d2y = "y2_ALA"},
    # ...
]

入力 #

k: 浮動小数点数型
- このポテンシャルの強さを指定します。
x: 浮動小数点数の配列型（省略可能・長さ:10）
- どの角度でyデータを与えるかを指定します。誤差程度の範囲で概ね等間隔であることが要求されます。
- 省略した場合、AICG2+でのデフォルトの値になります。
y: 浮動小数点数の配列型（長さ: 10）
- 角度ごとのエネルギーの値を指定します。
d2y: 浮動小数点数の配列型（長さ: 10）
- 角度ごとのエネルギーの2回微分の値を指定します。
indices: 整数の配列型（長さ: 3）
- どの粒子の間に適用するかを指定します。最初の粒子は0番めです。
offset: 整数型（省略可能）
- インデックスに加算する値です。省略可能です。