3SPN2 BaseStacking

3SPN2BaseStackingInteraction #

3SPN2BaseStacking相互作用は、3SPN2系粗視化DNA力場で用いられるbase-stackingの力場です。

利用可能なポテンシャルは以下のものがあります。

  • "3SPN2" (Hinckley et al., (2013) JCP)
  • "3SPN2C" (Freeman et al., (2014) JCP)

例 #

[[forcefields.local]]
interaction = "3SPN2BaseStacking"
potential   = "3SPN2"
topology    = "nucleotide"
parameters  = [
# `nucleotide` index starts from 5' and ends at 3'.
{strand = 0, nucleotide =  0,          S =   0, B =   1, offset = 100, Base = "A"},
{strand = 0, nucleotide =  1, P =   2, S =   3, B =   4, offset = 100, Base = "T"},
{strand = 0, nucleotide =  2, P =   5, S =   6, B =   7, offset = 100, Base = "C"},
{strand = 0, nucleotide =  3, P =   8, S =   9, B =  10, offset = 100, Base = "G"},
{strand = 1, nucleotide =  4,          S =  11, B =  12, offset = 100, Base = "C"},
{strand = 1, nucleotide =  5, P =  13, S =  14, B =  15, offset = 100, Base = "G"},
{strand = 1, nucleotide =  6, P =  16, S =  17, B =  18, offset = 100, Base = "A"},
{strand = 1, nucleotide =  7, P =  19, S =  20, B =  21, offset = 100, Base = "T"},
]

入力 #

  • interaction: 文字列型
    • 相互作用の種類を設定します。
    • "3SPN2BaseStacking"を指定します。
  • potential: 文字列型
    • ポテンシャルの種類を設定します。
    • 3SPN2 : 3SPN.2ポテンシャルのパラメータを使います。
    • 3SPN2C: 3SPN.2Cポテンシャルのパラメータを使います。
  • topology: 文字列型
    • "Topology"に設定する名前を指定します。
    • この力場は、隣り合うヌクレオチド間の全ての粒子対にエッジを張ります。
  • parameters:テーブルの配列型
    • offset: 整数型 (省略可能)
      • 各粒子の粒子番号に加算する値です。省略可能です。グループ内番号を使いたい場合に便利です。
    • strand: 整数型
      • ストランドの番号です。0-basedなインデックスです。
    • nucleotide: Integer
      • ヌクレオチドの番号です。0-basedなインデックスです。
    • P, S, B: 整数型
      • リン酸(P), 糖(S), 塩基(B)の番号です。0-basedなインデックスです。
    • Base: String
      • "A", "T", "C", "G"のいずれかです。
    • offset: 整数型(optional)
      • 各粒子の粒子番号に加算する値です。省略可能です。グループ内番号を使いたい場合に便利です。
    • 端のヌクレオチドには、多くの場合リン酸がありません。