3SPN2ExcludedVolume

3SPN2ExcludedVolumePotential #

3SPN2粗視化DNAモデルの排除体積ポテンシャルです。

\[U(r) = \begin{cases} \epsilon \left[\left(\frac{\sigma_{ij}}{r}\right)^{12} - 2\left(\frac{\sigma_{ij}}{r}\right)^6\right] + \epsilon & (r < \sigma_{ij})\\ 0 & (r \geq \sigma_{ij})\\ \end{cases}\]

例 #

[[forcefields.global]]
interaction = "Pair"
potential = "3SPN2ExcludedVolume"
ignore.particles_within.bond       = 1
ignore.particles_within.angle      = 1
ignore.particles_within.dihedral   = 1
ignore.particles_within.nucleotide = 1
spatial_partition = {type = "CellList", margin = 0.4}
parameters = [
    {index =   0, kind = "S"},
    {index =   1, kind = "A"},
    {index =   2, kind = "P"},
    {index =   3, kind = "S"},
]

入力 #

  • index: 整数型
    • 粒子のインデックスを指定します。
  • offset: 整数型（省略可能）
    • インデックスのオフセットを指定します。
  • kind: 文字列
    • 以下のどれかです。
    • "S"(sugar)
    • "P"(phosphate)
    • "A"(アデニン塩基).
    • "T"(チミン塩基).
    • "C"(シトシン塩基).
    • "G"(グアニン塩基).

入力の他の部分は、Pairを参照してください。