ProteinDNANonSpecificInteraction #

ProteinDNANonSpecificInteractionは粗視化モデルにおいてDNAとタンパク質の間の水素結合をモデル化したものです。

以下の論文で導入されました。

• T.Niina‡, G.B.Brandani‡, C.Tan and S.Takada, (2017) PLoS Comput Biol. (‡: co-1st)

例 #

[[forcefields.global]]
interaction = "PDNS"
potential   = "PDNS"
spatial_partition.type   = "VerletList"
spatial_partition.margin = 0.5
sigma = 1.0
delta = 0.17453
parameters  = [
{index =    2, kind = "DNA", S3 = 1},
{index =    5, kind = "DNA", S3 = 4},
# ...
{index = 1000, offset = 100, kind = "Protein", PN =  999, PC = 1001, k = -1.2, r0 = 5.0, theta0 = 1.57, phi0 = 1.73},
{index = 1023, offset = 100, kind = "Protein", PN = 1022, PC = 1024, k = -1.2, r0 = 6.0, theta0 = 1.57, phi0 = 1.73},
# ...
]

入力 #

• interaction: 文字列型
  • 相互作用の名前です。"PDNS"です。
• potential: 文字列型
  • ポテンシャルの名前です。"PDNS"です。
• sigma: 浮動小数点数型
  • 動径方向での安定化領域の幅です。
• delta: 浮動小数点数型
  • 角度方向での安定化領域の幅です。単位はラジアンです。
• parameters: テーブルの配列型
  • index: 整数型
    • 粒子の番号です。
    • DNAの場合、リン酸残基の番号です。
  • offset: 整数型（省略可能）
    • 粒子のオフセットです。
  • kind: 文字列型
    • DNA粒子とProtein粒子があります。
  • S3: 整数型
    • DNA粒子で要求されます。3’末端方向にある隣のヌクレオチドの糖粒子の番号です。
  • PN, PC: 整数型
    • Protein粒子で要求されます。それぞれN-, C-末端方向の隣の粒子の番号です。
  • k: 浮動小数点数型
    • ポテンシャルの強さです。
  • r0, theta0, phi0: 浮動小数点数型
    • 再安定構造です。