3SPN2BaseBaseInteraction #

3SPN2BaseBaseInteractionは3SPN2系粗視化DNA力場の相互作用です。

以下のポテンシャルが利用可能です。

• "3SPN2": Hinckley et al., (2013) JCP
• "3SPN2C": Freeman et al., (2014) JCP

例 #

[[forcefields.global]]
interaction = "3SPN2BaseBase"
potential   = "3SPN2"
ignore.particles_within.nucleotide = 3
spatial_partition = {type = "CellList", margin = 0.2}
parameters  = [
# `nucleotide` index starts from 5' and ends at 3'.
{strand = 0, nucleotide =  0,          S =   0, B =   1, offset = 100, Base = "A"},
{strand = 0, nucleotide =  1, P =   2, S =   3, B =   4, offset = 100, Base = "T"},
{strand = 0, nucleotide =  2, P =   5, S =   6, B =   7, offset = 100, Base = "C"},
# ...
]

入力 #

• interaction: 文字列型
  • 相互作用の種類を設定します。3SPN2BaseBaseです。
• potential: 文字列型
  • 以下のポテンシャルが利用可能です。
  • 3SPN2 : 3SPN.2ポテンシャルのパラメータを使います。
  • 3SPN2C: 3SPN.2Cポテンシャルのパラメータを使います。
• topology: 文字列型
  • "Topology"に設定する名前を指定します。
  • 3SPN2力場では3つのヌクレオチドが間にないと塩基対を形成しないので、BaseStackingの トポロジーとして設定した結合(ここでは"nucleotide")を3つ分無視して下さい。
  • 詳細はGlobalForceFieldのignoreセクションを参照してください。
• spatial_partition: Table
  • 近接リストを構築するアルゴリズムを指定します。
  • 詳細はGlobalForceFieldのspatial_partitionセクションを参照してください。
• parameters:テーブルの配列型
  • strand: 整数型
    • ストランドの番号です。0-basedなインデックスです。
  • nucleotide: Integer
    • ヌクレオチドの番号です。0-basedなインデックスです。
  • P, S, B: 整数型
    • リン酸(P), 糖(S), 塩基(B)の番号です。0-basedなインデックスです。
  • Base: String
    • "A", "T", "C", "G"のいずれかです。
  • offset: 整数型(optional)
    • 各粒子の粒子番号に加算する値です。省略可能です。グループ内番号を使いたい場合に便利です。
  • 端のヌクレオチドには、多くの場合リン酸がありません。