ImplicitMembranePotential #

平面の周りにある粒子をその疎水度に応じて安定化するimplicitな膜モデルです。

\[U(\mathbf{r}) = \sum_i^N k h_i \tanh\left(\mathrm{bend} * \left(|z_i - z_0| - \frac{\mathrm{thickness}}{2}\right)\right)\]

例 #

[[forcefields.external]]
interaction    = "Distance"
potential      = "ImplicitMembrane"
shape.name     = "AxisAlignedPlane"
shape.axis     = "X"
shape.position = 0.0
shape.margin   = 0.5

bend           = 1.0
thickness      = 4.0
interaction_magnitude = 10.0
parameters  = [
    {index = 0, hydrophobicity = 1.0},
    # ...
]

入力 #

bend: 浮動小数点数
- 中央の安定化を受ける部分と外側の部分との間のスロープの傾きを決めます。
thickness: 浮動小数点数
- 中央の安定化を受ける部分の幅を決めます。
interaction_magnitude: 浮動小数点数
- ポテンシャルの強さを決めます。上式の \( k \) です。
parameters: テーブルの配列型
- index: 整数型
  - 粒子の番号です。最初の粒子は0番目です。
- hydrophobicity: 浮動小数点数型
  - 粒子の疎水度です。上式の \( h \) です。

Remarks #

This feature is developed by contributor, @yutakasi634.