HybridForceField #
HybridForceField は二つの異なる力場の線形結合です。
\[V = \lambda V_1 + (1 - \lambda) V_2\]\(\lambda = 1\) のとき、 \(V = V_1\) になることに気を付けてください。
トポロジーは異なっていても問題ありません。異なっている場合、dcdなどのchain数には一つ目のforcefieldが入ります。
例 #
まず、二つのforcefieldsを定義します。
その後、[simulator]テーブルでforcefields.type = "Hybrid"と、forcefields.lambdaの値を定義してください。
一番目の[[forcefields]]テーブルが上の式での
\( V_1 \)
に、二番目が
\( V_2 \)
になります。
[simulator]
type = "MolecularDynamics"
boundary_type = "Unlimited"
precision = "double"
delta_t = 0.1
total_step = 1000000
save_step = 1_000
seed = 2859805901
integrator.type = "BAOABLangevin"
integrator.gammas = [
# ...
]
forcefields.type = "Hybrid"
forcefields.lambda = 0.5
# ...
[[forcefields]] # V1
[[forcefields.local]]
# ...
[[forcefields]] # V2
[[forcefields.local]]
# ...
λの値を動的に変化させる #
\(\lambda\)
を仮想的な粒子の座標と解釈し、それにかかる力を考え、時間積分することによってサンプリングを行うことが可能です。
forcefields.lambdaには文字列で"dynamic"と入力し、[[systems]]でdynamic_variablesにlambdaを定義してください。
このlambdaの値、速度、力は.eneファイルに保存されます。
また、その際に \(k(\lambda - \lambda_0)^2\) 型のポテンシャルを追加でかけることが可能です。
[simulator]
type = "MolecularDynamics"
boundary_type = "Unlimited"
precision = "double"
delta_t = 0.1
total_step = 1000000
save_step = 1_000
seed = 2859805901
integrator.type = "BAOABLangevin"
integrator.gammas = [
# ...
]
forcefields.type = "Hybrid"
forcefields.lambda = "dynamic" # make lambda dynamic
forcefields.v0_lambda = 1.0 # k(v - v0)^2
forcefields.k_lambda = 100.0 # k(v - v0)^2
# ...
[[systems]]
attributes.temperature = 300.0
dynamic_variables.lambda = {x = 1.0, m = 1000.0, gamma = 1e-5, boundary = "Repulsive", lower = 0.0, upper = 1.0}
[[forcefields]] # V1
[[forcefields.local]]
# ...
[[forcefields]] # V2
[[forcefields.local]]
# ...