[files] #

主にファイル入出力の設定をします。

例 #

[files]
output.path         = "data/"
output.prefix       = "protein1"
output.format       = "xyz"
output.progress_bar = false
input.path          = "input/"

入力 #

filesテーブルには、outputとinputの2つのテーブルがあります。

files.output #

filesテーブルの中のoutputテーブルには、以下の値を設定します。

• prefix: 文字列型
  • ファイル名の先頭につく識別子を設定します。出力ファイルは、{prefix}.logのように命名されます。
• path: 文字列型
  • 出力ファイルのパスを設定します。そのディレクトリにファイルが出力されます。
• format: 文字列型
  • トラジェクトリファイルのフォーマットを指定します。
  • 粒子ごとに一つの座標情報しか格納できないフォーマットの場合、 {prefix}_positionと{prefix}_velocityの2つのファイルが出力されます。
  • "xyz": xyzフォーマットで出力します。
  • "dcd": dcdフォーマットで出力します。
  • "trr": trrフォーマットで出力します。
• progress_bar: 論理値型（デフォルトでtrue）
  • プログレスバーを表示するかどうかを選択します。
  • コンソール出力がファイルにリダイレクトされている場合、無条件にfalseになります。

files.input #

filesテーブルの中のinputテーブルには、以下の値を設定します。

• path: 文字列型
  • 入力ファイルを分割する際に、ルートディレクトリを設定します。 例えば、ここに"input"を設定した場合、分割入力の際./input/*.tomlが検索されます。