FlexibleLocal

FlexibleLocalDihedral #

粗視化タンパク質モデルで、フレキシブル領域の角度分布を再現するためのポテンシャルです。 角度分布を再現するため、フーリエ級数展開の形で定義されています。

\[U(\phi) = C + \sum_{n=1}^{3}\left( k_n^{\sin} \sin(n\phi) + k_n^{\cos} \cos(n\phi)\right)\]

AICG2+粗視化タンパク質力場の一部として使われることが多いです。

以下の論文で開発されました。

  • T. Terakawa and S. Takada, (2011) Biophys J

例 #

[[forcefields.local]]
parameters = [
    {indices = [0,1,2,3], k = 1.0, coef = [2.2356,  0.4119, -0.1283,  0.0229, -0.2708, -0.0085, -0.0641]},
    # ...
]

入力 #

  • k: 浮動小数点数型
    • このポテンシャルの強さを指定します。
  • coef: 浮動小数点数の配列型（長さ: 7）
    • 前から順に、 \( C, k_1^{\sin}, k_1^{\cos}, k_2^{\sin}, k_2^{\cos}, k_3^{\sin}, k_3^{\cos} \) です。
  • indices: 整数の配列型（長さ: 4）
    • どの粒子の間に適用するかを指定します。最初の粒子は0番めです。
  • offset: 整数型（省略可能）
    • インデックスに加算する値です。省略可能です。