ClementiDihedral

ClementiDihedral #

ClementiらによるOff-lattice Goモデルで使用されたポテンシャルです。

\[U(v) = k_1(1-\cos(v-v_0)) + k_3(1-\cos(3(v-v_0)))\]

以下の論文で提案されました。

  • C. Clementi, H. Nymeyer, J. Onuchic, (2000) JMB

例 #

[[forcefields.local]]
interaction = "DihedralAngle"
potential   = "ClementiDihedral"
topology    = "none"
parameters  = [
    {indices = [0,1,2,3], v0 = -2.20, k1 = 1.0, k3 = 0.5},
    # ...
]

入力 #

  • v0: 浮動小数点数型
    • ポテンシャルの最安定点を決めます。
  • k1: 浮動小数点数型
    • このポテンシャルの強さを指定します。
  • k3: 浮動小数点数型
    • このポテンシャルの強さを指定します。
  • indices: 整数の配列型（長さ: 4）
    • どの粒子の間に適用するかを指定します。最初の粒子は0番めです。
  • offset: 整数型（省略可能）
    • インデックスに加算する値です。省略可能です。